Могу предположить, что фоновик закрытия запустился, кто-то пометил документ на удаления, а фоновик не знает об этом и продолжает создавать движения для документов. Но это как вариант.
А вообще чтобы понять, почему проводки остаются, можно еще проверить настройки бухгалтерской или учетной систем. Возможно, существует параметр, который определяет, как обрабатывать проводки при удалении документов. Если такой параметр существует, вы можете попробовать его изменить.
В регламентированном учете проводки могут быть зарегистрированы в журналах проводок. Даже если документ удален, проводки могут оставаться в журнале. Это может быть частью учетных правил вашей компании или требований бухгалтерского учета, уж не знаю, как там у вас.