Если оставаться в рамках типового функционала, то остается производственная схема. Т.е. процесс продажи товаров покупателю вы рассматриваете как производственный процесс. Но для товара закупаемого и товара продаваемого придется завести разные номенклатуры. Продаваемый товар рассматриваете как «продукцию» (Тип = Запас, Способ пополнения = Производство), а закупаемый товар - как «материал» (Тип = Запас, Способ пополнения = закупка) и связать их через Спецификацию. (Еще есть вариант обойтись одной номенклатурой, которую указывать в Спецификации и в качестве «Продукции» и в тч «Состав» с типом строки «Сборка».)
Затраты, возникающие при продаже, рассматриваете как производственные затраты.
На основании «Заказа покупателя» оформляете «Заказ на производство». Далее на основании «Заказа на производство» оформляете выпуск продукции через документ «Производство».
Перенос закупочной стоимости на себестоимость «продукции» (в нашем случае себестоимость продаваемых товаров») производится через оформление документа «Распределение затрат» на закладках «Продукция» и «Материалы». Этим же документом на закладке «Затраты» регистрируются и дополнительные расходы, возникающие при продаже. После оформления этого документа и выполнения операции «Закрытие месяца» доп.расходы при продаже будут распределены на себестоимость «продукции», т.е. продаваемых товаров.
Получается довольно громоздкая схема. Но других вариантов, основанных на типовом функционале 1С: УНФ 3.0 не вижу. Остается только предложить его специально доработать.