Встречаются такие ситуации, когда стоимость договора выражена в одной иностранной валюте, а оплата по нему осуществляется в другой валюте. В данном случае разницы не являются курсовыми, а возникают из-за разницы между рублевой оценкой обязательства в разных валютах.

Тут все гораздо проще. Запустите регламентную операцию Закрытие месяца. Посмотрите, как отработает Переоценка валютных средств. Сформируйте ОСВ. Взаиморасчеты закроются.