Отвечу сама, может быть кому-то пригодиться. В 1С для удержания налога на доходы с иностранных юридических лиц специальные инструменты не предусмотрены, поэтому отражение удержания производится с помощью Операции вручную, в которой делается проводка по Дебету счета расчетов 60.21 (60.31) и по кредиту счета учета расчетов с бюджетом 68. Декларация по налогу на доходы иностранных юридических лиц заполняется также вручную на основании учетных данных.