Добрый день! Для начала проверьте настройки организации. Администрирование- Проведение
документов- Расчеты выполняются при закрытии месяца или при проведении документа?
Если вы хотите видеть списание себестоимости в реальном времени необходима соответствующая настройка. По вопросу о доп.расходах. Так понимаю, ошибка возникает, когда поступление дополнительных расходов происходит гораздо позже, чем поступление товара. К моменту поступления товар может быть уже реализован, с распределением возникает проблема. В идеале цепочка должна выглядеть так: поступление товаров, поступление доп.расходов, реализация. Если взять как пример транспортные расходы, поступившие в конце месяца по нескольким перевозкам, то лучше внести поступлением услуг, а не документом Поступление доп.расходов. В результате регламентной операции себестоимость посчитается корректно.

Обратите внимание на еще один важный момент- разрешено ли списание запасов при отсутствии товара на складе. В
этом случае остатков товара нет, реализация проведена, себестоимость не списалась- «краснота» в ОСВ. Лучше
отключить данную функцию и провести документы в хронологической последовательности: поступление товара, списание. Администрирование- Проведение документов- Разрешить списание запасов при отсутствии остатков по данным учета.
Проанализируйте ОСВ 41сч. с отбором по складам и номенклатуре. Скорее всего приходуете товар на один склад, а продаете с другого. В этом случае, необходимо перемещение товаров между складами. И конечно, соблюдение хронологии (поступление товара, перемещение, реализация)