По-разному. На одного контрагента создается много заказов в разные дни, потом эти заказы объединяются в реализацию. Пробовал в договоре указывать детализацию расчетов – «По заказам», «Аванс по заказам, долг по накладным» не помогло.

Имейте в виду, что в ведомости поле заказ – это объект расчетов, который зависит от детализации расчетов, указанной в договоре с клиентом (вкладка «Расчеты и оформление»), и может быть в качестве договора с контрагентом, накладной или заказа клиенту. Документ «Заказ клиента» никак не влияет на расчеты с клиентами.
Если нужно, то настройте использование заказов в программе. Перейдите в раздел Администрирование - CRM и продажи (Закупки) и отметьте флажками использование Заказов клиентов и Заказов поставщиков соответственно.
Также нужно отметить флажками пункты Реализация по нескольким заказам и Поступление по нескольким заказам. Это необходимо чтобы рассмотреть примеры взаиморасчетов, когда по одному заказу создается несколько финансовых документов.
Кстати, варианты взаиморасчетов настраиваются непосредственно в договоре. Если договора нет, то взаиморасчеты по умолчанию будут по заказам, если создан документ Заказ клиента, если заказа нет и сразу создан документ Реализация товаров, то взаиморасчеты будут по документу реализации.

Если платеж провести правильно, взаиморасчеты закроются полностью, что покажет отчет Ведомость расчетов с клиентами.

Вообще существует алгоритм заполнения правил оплаты. Если используются соглашения и в них определены кредитные этапы с количеством дней после отгрузки, то дата платежа считается от желаемой даты заказа клиента и в соответствии количеством дней отсрочки (при расчетах по заказам).