Если все же вернутся к ситуации автора вопроса, то при начислении аванса важно, чтобы сумма аванса была не больше суммы всех начислений в начислении зарплаты с таким же кодом дохода, иначе начинаются ошибки из-за расчета НДФЛ с нарастающим итогом.
Первый вариант исправления – это разбить начисление аванса по кодам дохода так, чтобы эти суммы были не больше суммы в ЗП. Второй - уменьшить сумму аванса, затем увеличить сумму при выплате зарплаты операцией НДФЛ или переносом данных. Пересчитать НДФЛ в документе начисления ЗП. После этого должно быть все ровно.
Но есть тонкость – в ведомости за выплату должен стоять ровно такой НДФЛ, какой начислен в документе «Начисление ЗП за первую половину». В противном случае в начислении ЗП на вкладке НДФЛ на дату аванса проставить налог из ведомости, а на дату зарплаты – правильную сумму налога, но регистр учета НДФЛ и расчетный листок разделятся ровно на разницу между суммой налога в ведомости и суммой налога в авансе.