Мне кажется даже если программа задает вопрос, то после выбора дополнительного действия может и не делать резервную копию. Не думаю, что в конфигурации дело. Процедура резервного копирования наверняка встроена в платформу. А она и у базовой, и у проф версии одна и та же. Попробуйте проверить разрешена ли запись в папку, которая указана в пути резервного копирования.

Проблема может решиться установкой расширения конфигурации. Вообще начиная с версии 3.0.63.xx при создании резервной копии файловой базы средствами 1С Бухгалтерия файл 1Cv8.1CD не архивируется ZIP, а просто копируется в папку, если размер файла превышает 2000 Мб. В результате для хранения резервных копий требуется примерно втрое больше места на диске.

Данное расширение конфигурации позволяет исправить ситуацию, подняв лимит до 4000 Мб. Расширение можно подключать как в режиме конфигуратора, так и в пользовательском, конфигурация остается на замке, статус поддержки не изменяется.

На всякий случай напомню, что в 1С:БУ резервную копию базы можно создать вручную и в автоматическом режиме. Копирование файла или папки программы 1С не самый надежный вариант, но подойдет для экстренных ситуаций, когда рядом нет специалиста и срочно надо скопировать базу, в том числе это можно сделать на флешку. Для этого надо знать ее расположение. Путь, где располагается база 1С 8.3, можно увидеть внизу окна запуска программы, выделив нужную информационную базу.

При работе 1С в файловом режиме вся информация хранится в одном файле. Ищем нужную папку и в ней желтый файл 1Cv8, имеющий расширение *.1CD — это и есть файл конфигурации 1С, в котором хранится наша база данных, информация о пользователях и т.п. Чтобы не ошибиться, можно скопировать полностью всю папку с программой.

Ну самый распространенный способ резервного копирования файловой базы 1С — это выгрузка информационной базы в режиме Конфигуратор. Про него я уверен вы знаете и так.