В целом проблема возникает из-за разного порядка отнесения расходов к прямым и косвенным в бухгалтерском и налоговом учете. Налоговый кодекс к прямым в НУ рекомендует относить на 20 счете материальные затраты, амортизацию, оплату труда и страховые взносы, а все остальное считается косвенными расходами. Бухгалтерский учет же к прямым расходам относит все расходы на 20 счете.
Насчет постоянных разниц сказать что-либо трудно, посмотрите карточку 20 счета, чтобы определить, какой именно операцией она была изначально создана, например, списали ли материалы, имеющие разную стоимость в БУ и НУ.
Разница между суммами БУ и НУ при закрытии 20 счета на 90 в обычной ситуации может объясняться разным подходом к классификации расходов. Например, у вас 3000 рублей всего на 20 счете, из них 1000 рублей - это прямые расходы (в НУ), а 2000 - косвенные. Тогда у вас будут проводки
1. д. 90.02.1 к 20.01 3000 рублей в БУ, 1000 рублей в НУ и ВР = 2000 рублей.
2. д. 90.08.1 к 20.01 0 рублей в БУ, 2000 рублей в НУ и ВР = -2000 рублей.
ПР тут никаких не возникает, а расходы реально в БУ и НУ одинаковые, просто классифицированы по-разному.