При отправке электронно подписанного файла вы отправляете не только сам документ, а пакет документов. В котором отдельным файлом идет как раз таки подпись. Т.е. документ подписан, а визуально на нем подписи может не быть. Особенно если вы просматриваете его в каком-то особом формате. На pdf Документах подпись обычно есть.
Проверьте в 1С, настроено ли у вас отображение штампа ЭЦП при подписании договоров в Документообороте. Для этого: откройте раздел Настройка и администрирование, как выше описано – Общие настройки – Настройки эп и шифрования. В открывшейся форме вам нужна вкладка «Штамп ЭП». Активируйте чек- бокс «Автоматическая вставка отметки…» и в поле ниже укажите, где ее нужно располагать.
Все, сохраняйте.