Мы вообще делали так – продавали один товар за энную сумму. Делали реализацию, на его основании делали ПКО на эту же энную сумму. Выходил чек без НДС. А должен быть с НДС, оплата полная, товар один. Нужно пробивать два чека, один из реализации - в нем будет НДС 20%, второй из ПКО - в нем будет Без НДС, если предоплата по заказу - то в чеке будет НДС 20\120.
Вообще вспомните, что 1С закрыли логическую дырку, сделав возможным единый чек из реализации плюс оплаты, если реализация и оплата день в день и сумма документов оплаты и реализации совпадает. Только вот не сообщили, что этот единый чек работает только при взаиморасчетах в договоре по заказам или по накладным, но не работает по договору в целом.

Да, там еще есть инфа синим шрифтом, она выводит информацию об общем количестве номенклатурных позиций по каждой ставке НДС. По кнопке Установить ставку НДС можно выполнить групповую установку ставок НДС По выделенным строкам списка или По всем строкам списка при необходимости массовой замены ставки НДС для номенклатуры, например, при изменении законодательства.

Да все нормально, просто индивидуально в разных базах ситуации не совпадают. Типовой обработкой, встроенной в конфу пользовался. Именно для слияния дублей контрагентов. Ничего перепроводить не требуется после нее. Все становится как нужно и по движениям тоже.
Может быть проблема с авансами, но не потому, что обработка чего-то не то делает, а потому что после слияния контрагентов изменяется само состояние аванса, если документы на него влияющие будут перепроводиться. Поэтому, нельзя открывать «закрытые» периоды, если по ним проходили с целью слияния дублей, чтоб никто ничего там не перепроводил.
В текущем открытом перепроводить очень желательно, т.к. состояние расчетов по контрагенту изменится.

А кстати пункты «Наборы номенклатуры», «Многооборотная тара», «Характеристики номенклатуры», «Упаковки номенклатуры» и «Качество товаров» вообще не являются обязательными для базовой работы системы. Так что смотрите сами.
Тем более, что если основное выходное изделие имеет характеристики, но в ресурсной спецификации характеристика не указана, то такая ресурсная спецификация будет подходить для таких изделий с любой характеристикой. Для прочих выходных изделий при наличии характеристик их обязательно уточнять в ресурсной спецификации. Из этого следует, что, так как в характеристиках на предприятии ведутся размеры, то спецификация будет одна на артикул (в характеристике ничего не указываем).

Да, теперь и на сч.26 относятся только управленческие затраты. В настройках учетной политики не нужно выбирать порядок распределения общехозяйственных расходов, поскольку они полностью входят в расходы текущего периода. Однако правила списания затрат со сч. 26 различается для компаний, которые применяют сч. 20 или не применяют его.
Если же в настройках учетной политики организации включены флаги Выпуск продукции и/или Выполнение работ, оказание услуг заказчикам, то затраты, учтенные на счете 26, при закрытии месяца списываются на счет 90.08 «Управленческие расходы» (ранее такой метод назывался «директ-костингом»). Если организация, которая работает по госконтрактам, использует особые правила распределения затрат, то их следует указать не только для счета 25, но и для счета 26.

Как вариант могут предложить вписать сообщение в поиск конфигуратора, прогнать по модулям и разобраться, какое условие срабатывает. Либо открыть Вид цен и поставить галочку Включать НДС. А в учетной политике проставьте галку Не является налогоплательщиком НДС.

Попробуйте сделать базу в копию, в ней найдите дублированных авансников, отыграйте по ним поиском и удалением. Пробегитесь по отчетам. И не забудьте потом удалить дубли ключей.

Вообще для начала откройте форму настройки автовыбора номенклатуры, запустив команду «Автовыбор». Перед вами откроется окно с несколькими пунктами и подпунктами – «Как определяется номенклатура» (Указывается в маршрутной карте, указан в свойстве характеристик изделия или же уточняется при производстве), «Как определяется характеристика номенклатуры» - вот это то, на что нужно обратить внимание и выбрать то, что нужно.
Тут вы увидите подпункты Указывается в маршрутной карте, Определяется по свойствам основного изделия, Определяется по алгоритму, Уточняется при производстве.
Вот у вас видимо вариант определения характеристики номенклатуры установлен в «Указывается в маршрутной карте». Выберите другой вариант – «Уточняется при производстве».

Да, все так, механизмы поменяли. Косвенные затраты, включаемые в стоимость готовой продукции, работ или услуг, отражаются на сч. 20.01, 23 или 25.
Сч. 26 теперь в программе предназначен лишь для учета управленческих расходов, к примеру, расходов на канцтовары, связь, консультационные услуги, аудит и т.д., то есть они не включаются в себестоимость незавершенки и готовой продукции. Если ранее на сч. 26 учитывались общехозяйственные расходы, связанные с производственным процессом в целом, то учет таких затрат теперь требуется вести на сч. 20, 23 или 25. А на сч. 28 учитывается брак в производстве. Может с этим у вас и возникла путаница.
Вы для своего же удобства и подсчета налога на прибыль делите все затраты на прямые и косвенные на основании списка прямых расходов, который компания задает в настройках по налогу на прибыль.
Для установки списка нужно зайти в меню «Главное», выбрать «Налоги и отчеты», перейти во вкладку «Налог на прибыль» и далее «Перечень прямых расходов».

Вам еще необходимо в карточке сотрудников на вкладе «Выплаты и учет затрат» в поле способы отражения указать правильный способ учета зарплаты. Еще проверьте настройки учета заработной платы. В карточке сотрудников на вкладе «Выплаты и учет затрат» в поле «Отношение к ЕНВД» вы должны выбрать «Полностью на ЕНВД».
Когда-то у нас был случай, что в релизе 1С:Бухгалтерия 8 3.0.43.162 фирма 1С разработала автоматический расчет расходов, уменьшающих ЕНВД при Закрытии месяца.
Организация (ИП с наемными работниками, полностью на ЕНВД). Страховые взносы начислены и уплачены. Но почему-то при закрытии месяца регламентная операция «Расчет расходов, уменьшающих ЕНВД» не делала вообще никаких движений.
Тогда мы проверили, правильно бы заполнили доки уплаты страховых, на правильные ли статьи их отнесли. Нам советовали смотреть отражение зп в бухучете, по проводкам стало ясно, что не так. Имейте в виду, что настройки бухучета и выплаты зп в ЗУП 3.0 вы нигде не посмотрите, там просто создается способ отражения (только наименование по сути) изменить ее можно после обмена в БП.