Если вы немного знакомы с программированием или у вас в команде есть программисты, можете попробовать что-то типа такого:
Функция РазницаТаблицЗначений(Таблица0, Таблица1, Измерения) Экспорт
ВсеКолонки = "";
Для Каждого Колонка Из Таблица0.Колонки Цикл
ВсеКолонки = ВсеКолонки + ", " + Колонка.Имя
КонецЦикла;
ВсеКолонки = Сред(ВсеКолонки, 2);
Таблица = Таблица1.Скопировать();
Таблица.Колонки.Добавить("Знак", Новый ОписаниеТипов("Число"));
Таблица.ЗаполнитьЗначения(1, "Знак");
Для Каждого Строка Из Таблица0 Цикл ЗаполнитьЗначенияСвойств(Таблица.Добавить(), Строка) КонецЦикла;
Таблица.Колонки.Добавить("Количество ");
Таблица.ЗаполнитьЗначения(1, "Количество");
Таблица.Свернуть(ВсеКолонки, "Знак, Количество ");
Ответ = Таблица.Скопировать(Новый Структура("Количество ", 1), ВсеКолонки + ", Знак");
Ответ.Сортировать(Измерения);
Возврат Ответ
КонецФункции
Вы получается соединяете две свои таблицы с помощью цикла. К каждой последующей (например, первой строки одной таблице) берется строка из второй таблицы. Затем добавляется столбец Количество, где будет указана цифра, показывающая количество одинаковых строк. Программа сделает свертку по всем столбцам и выявит одинаковые и разные строки. При этом одинаковые будут записаны в одной (новой) таблице, а разные – в другой. Дальше обрабатывается только таблица2. Выполняется сортировка по измерениям, чтобы строки, которые менялись в одной и другой первоначальных таблицах оказались рядом.
Получилось выполнить задачу?