Буквально на днях такая же тема была, но мне ТиИ помогло. В вашем случае точно сказать не ручаюсь, что за ошибка, но начал бы копать сам справочник номенклатуры в обоих базах. Удаление помеченных, визуальная проверка на косяки, например, наличие всяких спецсимволов (при загрузке из экселя такое бывает) или наименование начинается с маленькой буквы "я" (у 1С есть такой баг). Также погоняйте базу на 27-м движке.
О, кстати, иногда кроме ТиИ выгрузка - загрузка базу лечит. Плюс проверить номенклатуру на дублирующийся код.